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Arlequin(遺傳學分析軟件)

 v3.5.2.2綠色版
  • 軟件大小:24.3M
  • 更新日期:2019/6/23
  • 軟件語言:英文
  • 軟件類別:雜類工具
  • 軟件授權:免費軟件
  • 軟件官網:
  • 適用平臺:WinAll

軟件評分

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    Arlequin遺傳學分析軟件是一款專業的人類遺傳學數據分析軟件,這款軟件主要為從事醫學、生物學研究的用戶設計,對遺傳學有興趣的用戶可以通過軟件對統計數據中信息的挖掘,可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等。

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      Arlequin(遺傳學分析軟件)是一款專業的人類遺傳學數據分析軟件,這款軟件主要為從事醫學、生物學研究的用戶設計,對遺傳學有興趣的用戶可以通過軟件對統計數據中信息的挖掘,可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等

    Arlequin(遺傳學分析軟件)

    基本簡介

      Arlequin是一款專業的人類遺傳學數據分析軟件,這款軟件主要為從事醫學、生物學研究的用戶設計,可以從遺傳學和人口統計學數據中中挖掘信息,例如:大量的分子序列數據和傳統的等基因頻率,并提供了很多的方法和統計學檢驗,能夠滿足用戶多種遺傳學分析方便的需求!集成了單倍型頻率估計、Tajima中性檢驗、Fu中性檢驗以及遺傳距離的估計等功能。這樣就能夠準確有效的對人類遺傳學數據進行挖掘。還在等什么,對遺傳學有興趣的用戶可以通過軟件對統計數據中信息的挖掘,可進行AMOVA計算、中性檢驗、錯配分布等。

    軟件特色

      1.Molecular diversity(分子多態性);

      2.Mismatch distribution(錯配分布);

      3.Haplotype frequency estimation(單倍型頻率估計);

      4.Linkage disequilibrium(連鎖不平衡:檢測不同位點上等位基因的非隨機關聯);

      5.Hardy-Weinberg equilibrium(哈溫—伯格平衡);

      6.Tajima`s neutrality test(Tajima中性檢驗);

      7.Fu`s neutrality test(Fu中性檢驗);

      8.Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性檢驗);

      9.Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合檢驗,檢測人群的均一性或同質性和中性選擇等);

      10.Minimu Spanning Network(最小擴張樹或稱之為最小支撐樹,,基于分子差異);

      11.AMOVA 分子差異度分析,用以評測人群的遺傳結構;

      12.Pairwise genetic distances (遺傳距離的估計);

      13.Exact test of population differentiation (檢測隨機交配群體單倍型的非隨機分布);

      14.Assignment test of genotype (通過估計等位基因頻率將單個基因型分配到特定的人群中);

    更新日志

      1.直接從DNA序列數據計算位點頻譜,但僅基于次要等位基因頻譜的SFS計算。

      2.無法打開批處理(.arb)文件。

      3.當(假設祖先等位基因0)在一個站點不存在時,SFS計算不良。

      4.由arlequin和fastsimcoal2生產的不同SFS(主要用于基于MAF的SFS)。

      5.如果文件名超過255個字符,則會出錯。

      6.在arlequin日志文件中沒有提到SFS計算。

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